home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Libris Britannia 4 / science library(b).zip / science library(b) / CHEMIST / MV130.ZIP / MV.DOC < prev    next >
Text File  |  1994-02-22  |  7KB  |  248 lines
  1.                  MV manual 
  2.                 version 1.30  (DOS)
  3.  
  4. I. General
  5.  
  6. MV is a program to display and print 3 dimensional pictures of molecules 
  7. and atomic structures. It can deal with non-cartesian coordinates and 
  8. performs symmetry operations, so that any crystallographic data can be 
  9. quickly translated to the program's language.
  10.  
  11. PostScript drawings produced by MV are compatible with EPSF format and
  12. can be imported by most word processors.
  13.  
  14. MV supports a variety of graphic adapters and requires about 400KB of RAM.
  15.  
  16. The program first reads a file containing the structure description.
  17. It then displays the coordinate system and lets you select the view
  18. direction with cursor keys.
  19.  
  20. The structure definition file must be given as the command line parameter:
  21. mv <filename>
  22. The default extension is ".str" (that is, the program will try to append one
  23. if it cannot find the file without extension).
  24.  
  25.  
  26. II. Structure file format
  27.  
  28. The structural data is read from a text file at the program start.
  29. It contains two kinds of command/data units: simple commands fitting in
  30. one line and data block beginning with a block header and ending with
  31. a blank line. Numbers and keywords are separated with spaces or commas.
  32. '*' is used as a comment delimiter (any text following it is ignored). 
  33.  
  34. The command parser accepts non-ambiguous abbreviations for all commands,
  35. i.e 'sy' stands for 'symmetries' etc. 
  36.  
  37.  --- The first two lines of the file define the coordinate system
  38. (the unit cell):
  39.  
  40. a b c
  41. alpha beta gamma
  42.  
  43. where a,b,c are measured in Angstroms and the angles in degrees.
  44.  
  45.  --- The atoms positions are given in the 'atoms' block:
  46.  
  47. atoms
  48. x1 y1 z1 type1 [name1]           * (optional parameters are in brackets)
  49. x2 y2 etc...
  50.  
  51. where 'type' is used for color and size, and 'name' for bond assignement.
  52. Each atom must have a unique name.
  53. type and name can be up to 6 characters long, empty names are allowed for
  54. atoms which are not bonded.
  55.  
  56.  --- bond definitions:
  57.  
  58. bonds
  59. name1 name2 [type1]
  60. name3 name4 [type2]
  61. etc...
  62.  
  63. 'type' is optional, it is used for color assignement, as for atoms.
  64.  
  65.  --- colors and sizes:
  66.  
  67. properties
  68. type1 color1 [size1]
  69. type2 color2 [size2]
  70.  
  71. 'color' is a color name and 'size' the atom diameter in Angstroms
  72. (size is without effect on bonds). The default size is zero.
  73.  
  74. The colors are (VGA):
  75. black, blue, green, cyan, red, magenta, brown, lightgray, darkgray,
  76. lightblue, lightgreen, lightcyan, lightred, lightmagenta, yellow, white.
  77. In the current version the PostScript gray levels are determined by the 
  78. program itself in function of screen colors.
  79.  
  80.  
  81.  
  82.  --- symmetry operations are introduced by the command
  83.  
  84. symmetries
  85.  
  86. followed by a list of symmetry transformations. Each symmetry specification
  87. begins with a single letter identifier. Currently 3 types of transformations
  88. are supported (s, m, r):
  89.  
  90. s ax ay az bx by bz [store]
  91.  
  92. transforms x to ax*x+bx, y to ay*y+by, z to az*z+bz.
  93.  
  94. m ax ay az bx by bz [store]
  95.  
  96. is a reflection about the plane perpendicular to the vector (ax,ay,az)
  97. followed by the translation (bx,by,bz),
  98.  
  99. r ax ay az bx by bz m [store]
  100.  
  101. defines a rotation axis (ax,ay,az) of order m (360/m degrees) followed by
  102. the translation (bx,by,bz).
  103.  
  104. All transformations are applied only to the initial set of atoms/bonds
  105. unless the 'store' keyword is present. This causes the program to put
  106. all new positions created by symmetries back to the input buffer, so 
  107. that the subsequent transformations will act also on these new elements.
  108. In other words, this will make the program generate all products 
  109. of transformations before 'store' with those defined after it. 
  110. For example, if you have a molecule with an inversion center in (x,y,z),
  111. the list of symmetries would begin with
  112.  
  113. s -1 -1 -1 2x 2y 2z store
  114.  
  115. (see example files included)
  116.  
  117.  --- multiple data sets
  118.  
  119. the command
  120.  
  121. new
  122.  
  123. instructs the program to immediately process data from atoms, bonds
  124. and symmetries lists and to reinitialize the corresponding buffers.
  125. ('properties' are not initialized and must appear before the 'new' command).
  126. 'new' should always be followed by another atoms list.
  127. This feature may be useful when different molecules have different symmetries.
  128.  
  129.  --- the list of cells to construct is given by:
  130.  
  131. cells
  132. h1 k1 l1
  133. h2 k2 l2
  134. etc...
  135.  
  136. The cell 0,0,0 is created by default and does not need to be included.
  137. The current version supports only simple lattice, but other (fc, bc) 
  138. can by constructed declaring the appriopiate translations as symmetry 
  139. operations.
  140.  
  141.  
  142.  
  143.  --- control and display commands
  144.  
  145. axis ax ay az
  146. center cx cy cz
  147.  
  148. these commands define the axis and point about which you will rotate
  149. the coordinate system when selecting the view direction.
  150. The default values are: 0 0 1 and 0.5 0.5 0.5 .
  151.  
  152. frame on
  153. frame off
  154. frame all
  155.  
  156. selects the cell boundaries to be drawn: 0,0,0 (on), none (off) or all cells.
  157. The default is 'on'.
  158.  
  159.  --- print setup
  160.  
  161. pictureframe on
  162. pictureframe off
  163.  
  164. The clipping limits will appear (on) or not (off). The default is 'on'.
  165.  
  166. landscape
  167.  
  168. changes the orientation of the PostScript output to landscape.
  169.  
  170.  
  171.  
  172.  --- other commands
  173.  
  174. MV performs some optimizations that you may selectively turn off
  175. if you find that processing data takes too much time.
  176.  
  177. minimize off
  178.  
  179. will inhibit the search for equivalent atom/bond entries in the display buffer
  180. (produced by redundant symmetry definitions and sometimes difficult to avoid).
  181. This, however, increases the time needed to sort the buffer before
  182. displaying, as well as the size of the PostScript file.
  183.  
  184. specials off
  185. specials on
  186. specials all    (default)
  187.  
  188. When a line is crossing the center of an atom it will be split into
  189. two parts. The command selects which 'special' atom positions are considered:
  190. none (off), only lattice nodes (on) or all atoms can be tested (all).
  191.  
  192. split x
  193.  
  194. The maximum length of a drawn line is x (in Angstroms). Longer lines
  195. will be split in shorter segments. The default value is 2. If a message
  196. 'buffer full' appears, increase this parameter.
  197.  
  198.  
  199.  --- limitations  (version 1.30)
  200.  
  201. atoms list: 300
  202. bonds list: 300
  203. atoms/bonds after symmetries+cells generation: 2500/2500
  204.  
  205.  
  206.  
  207. III Viewing and printing
  208.  
  209. The view direction is selected with four cursor keys, and the distance with 
  210. + and - . The 'P' command dumps the last displayed picture to a Postscript 
  211. file. 
  212.  
  213.  
  214. -------------------------------------------------------------------------
  215. contents of mv130.zip:
  216.     
  217.     mv.exe          executable
  218.     mv.doc        this file
  219.     c60.str        sample files
  220.         cscl.str
  221.     hexa.str
  222.         c60.ps        PostScript file generated by c60.str
  223.  
  224.  
  225. mv130.zip may be freely copied and distributed provided the files included
  226. are not modified in any way. All rights are reserved to the author.
  227.  
  228. If you like this program , a contribution of the order of $10 would be
  229. appreciated. Any comments, suggestions, bug reports etc. are also welcome 
  230. and should be addressed to:
  231.  
  232. Pawel Wzietek            e-mail:  wzietek@lps.u-psud.fr
  233. 32 al. Albert Thomas
  234. 91-300 Massy, FRANCE
  235. --------------------------------------------------------------------------
  236.  
  237.  
  238.  
  239.  
  240.  
  241.  
  242.  
  243.  
  244.  
  245.  
  246.  
  247.  
  248.